Ordenens bygning i Svendborg ligger i Bagergade 59. Her har Sankt Johanneslogen Latomia til huse. Bygningen blev opført i 1895 som afholdsloge for medlemmer af Independent Order of Good Templars (IOGT), men blev erhvervet af Den Danske Frimurerorden i 1963, da møbelhandler Carl Th. Møller var Ordførende Broder. Efter en omfattende ombygning blev logen indviet den 29. februar 1964.
Lige siden 1890 havde Latomia haft til huse på Wandalls Hotel, som lå, hvor det nuværende Kvickly i Gerritsgade er beliggende. Før den tid og frem til instruktionslogens stiftelse i 1878 havde brødrene mødtes privat hos hinanden og på forskellige lejede adresser.
Efter en større om- og tilbygning omdannedes Sankt Johannes-instruktionslogen Latomia den 29. november 1983 til en arbejdende Sankt Johannesloge, og underdirektør W.P. Espensen blev valgt som dens første Ordførende Mester.