Det egentlige logearbejde i Faaborg begyndte med spredte orienteringsmøder for brødre sidst i 1850’erne. De blev afholdt hos distriktslæge Ortmann, som var Ordførende Mester i Sankt Johanneslogen Maria til de tre Hjerter i Odense, men som var bosiddende i Faaborg.
I november 1861 søgte Ortmann om tilladelse til at oprette en instruktionsloge, og tilladelsen blev givet i april 1863. Den 4. maj 1863 konstituerede logen sig med Ortmann som Ordførende Broder. Det var Danmarks første instruktionsloge.
Møderne blev holdt flere forskellige steder indtil 1914, hvor greve Henrik Bille Brahe Selby og sagfører J.C. Amtoft købte synagogen i Klostergade og forærede den til logen. Efter en om- og tilbygning blev bygningen taget i brug som loge den 24. januar 1915.
I maj 1971 blev en Kapitel-instruktionsloge stiftet i samme bygning – i øvrigt som Fyns eneste. Faaborg har således både en Sankt Johannes-instruktionsloge, Under Klokketaarnet, og en Kapitel-instruktionsloge, Under Korset.